barokní klášterní kostel sv. Petra a Pavla v Rajhradě
Ve svých 23 letech už vlastnil stavební firmu, která natolik prosperovala, že si mohl dovolit zaplatit v hotovosti dva domy v pražské Nerudově ulici; šlo o Valkounský dům a dům U Zlaté číše (čp. 211 a 212), které později spojil dohromady.
Santiniho práce byly ovlivněny zejména tvorbou dalších zvučných jmen vrcholného baroka - Francouze J. B. Matheye, Itala F. Borromini a nebo rakouského architekta J. B. Fischera z Erlachu.
Santiniho specialitou bylo zakomponování skryté symboliky do půdorysné dispozice staveb, tajemných poselství, stejně jako hra světel a stínů, a střídání hmot v jejich interiérech, které ponejvíce uplatnil při projektu poutního kostela sv.Jana Nepomuckého na Zelené Hoře ve Žďáře nad Sázavou, který se právem dostal na seznam památek UNESCO.
"Základní půdorys kostela sv. Jana Nepomuckého postavený na pěticípé hvězdě symbolizuje nejen pět mučednických ran Kristových, ale pět kaplí v ambitu pak také pět hvězd, které se zjevily nad místem umučení Jana z Nepomuku, uctívaného jako mučedníka zpovědního tajemství.
Jan Nepomucký byl zpovědníkem královny Žofie, manželky Václava IV. Král podezíral Žofii z nevěry, a proto na Janovi vyzvídal, s čím se mu jeho žena svěřuje. Jan ale odmítal prozradit zpovědní tajemství. Král jej nechal uvěznit, osobně jej pálil pochodní a mučil ho. Jan Nepomucký nepromluvil, umučili ho k smrti, do úst mu nacpali roubík a jeho tělo vhodili do Vltavy. Po několika dnech bylo tělo vyloveno a pohřbeno do svatovítského chrámu. Vypráví se, že v den, kdy Janovo tělo vhodili do Vltavy, vyšlo na nebi 5 jasných hvězd. Tak se pěticípá hvězda a číslo 5 staly svatojánskou barokní symbolikou.
A pak ještě jedna událost ovlivnila vznik svatojánské legendy. Když byl otevřen hrob Jana Nepomuckého z lebky mu vypadla zachovalá zčervenalá tkáň. Tehdejší lékaři jí označili jako jazyk. Zázračné zachování Janova jazyka posloužili jako další důkaz jeho svatosti. Roku 1729 byl Jan Nepomucký prohlášen za svatého a jeho jazyk se stal symbolem, který představuje mlčenlivost zpovědního tajemství.."
chrám Panny Marie, Křtiny
Zřejmě nejvýznamnější Santiniho stavbou na Moravě je Chrám Panny Marie 
ve Křtinách, který je s přilehlým areálem - atriem a kaplí sv. Anny - často nazýván barokní perlou Moravy.
Dalším známým Santiniho projektem na jižní Moravě je přestavba benediktinského kláštera v Rajhradu (prokazatelně nejstaršího kláštera na Moravě) kolem r. 1720, který patřil k jeho posledním.
Jan Blažej Santini - Aichl, jeden z nejoriginálnějších architektů středoevropského baroka, přezdívaný jako "genius kamene a světla", však už nestačí celý projekt zrealizovat, a ve věku nedožitých 47ti let umírá v rodné Praze.
